Informações do Trabalho
Titulo
ANÁLISE DO DESEMPENHO COMPUTACIONAL DOS ALGORITMOS DE SIMULAÇÃO ESTOCÁSTICA PARA REDES DE REGULAÇÃO GÊNICA
Subtítulo
Autor
RAFAEL DE SOUZA TERRA
Orientador
Itamar Leite de Oliveira
Resumo
Com o avanço da tecnologia e o crescente interesse no estudo de redes de regulação gênica, diversos algoritmos utilizando diferentes abordagens para a simulação estocástica dessas redes foram desenvolvidos. Decorre então o questionamento de qual algoritmo presente na literatura utilizar e por que utilizá-lo na simulação de uma determinada rede de regulação gênica. A escolha do algoritmo de simulação estocástica pode ser decisiva para conseguir ou não realizar a simulação de uma rede gênica. Para auxiliar nessa escolha o presente trabalho busca realizar a implementação dos principais algoritmos de simulação estocástica presentes na literatura utilizando a linguagem de programação C++11 e o estudo deles, verificando o desempenho de cada algoritmo em relação a redes de diferentes graus de acoplamento. Esse trabalho ainda propõe a implementação de uma estrutura de dados utilizando o conceito de lista circular no algoritmo de simulação estocástica com delay verificando o seu desempenho em relação ao algoritmo com outras estruturas como a heap e a lista ordenada. Os algoritmos de simulação estocástica apresentados nesse trabalho obtiveram um resultado semelhante entre si com o Direct Method se destacando na maioria dos testes. A lista circular apresentou uma melhora de desempenho em relação à lista ordenada, porém a heap teve os melhores resultados.
Ano:
2019
Palavras-Chave
Simulação estocástica, redes de regulação gênica, lista circular.
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