Informações do Trabalho
Titulo
LEIFDB: UM BANCO DE DADOS PARA ORGANIZAÇÃO DE INFORMAÇÕES PROVENIENTES DA ANÁLISE COMPARATIVA DO GENOMA DA BACTÉRIA LEIFSONIA XYLI
Subtítulo
Autor
PEDRO ANTONIO DE CASTRO BITTENCOURT
Orientador
Saul de Castro Leite
Resumo
A cultura da cana-de-açúcar no Brasil é utilizada principalmente para a produção de açúcar e etanol. Porém existem doenças que acometem a cultura e que preocupam o setor canavieiro quanto a redução de produtividade, dentre elas uma das mais importantes é o raquitismo da soqueira, causada pela bactéria \textit{Leifsonia xyli} subsp. \textit{xyli}. Existem várias espécies que compõem o gênero Leifsonia, sendo que somente uma delas é patogênica a plantas, as demais são bactérias de vida livre. Neste sentido, o objetivo deste trabalho é organizar as informações sobre o genoma completamente sequenciado destas bactérias, quando disponíveis, a fim de estabelecer um ambiente que organize as informações e que auxilie no processo de comparação de sequências e anotação funcional entre as espécies deste gênero, visando aspectos associados a patogenicidade. O banco de dados em construção, chamado de LeifDB, possui atualmente informações obtidas a partir do genoma completamente sequenciado de 11 bactérias (dentre elas: 5 espécies do gênero Clavibacter e 6 espécies do gênero Leifsonia). As informações do genoma de espécies Clavibacter foram adicionadas por se tratar do gênero mais próximo a Leifsonia e da mesma forma apresentando espécies patogênicas a plantas. O banco contém a predição de ORFs dos 11 genomas, obtida pelo programa PROKKA, categorização funcional de acordo com o COG e anotação funcional descrita para Projeto Genoma de bactérias do gênero \textit{Xanthomonas}. O objetivo principal é auxiliar a identificação de grupos de genes associados a patogenicidade. O LeifDB possui um total de 35904 registros que representam os genes associados a 11 bactérias. Deste total foram agrupados e categorizados 87,44\% sendo apenas 6,5\% genes de categoria funcional indefinida ou hipotética.
Ano:
2017
Palavras-Chave
Banco de dados, Bioinformática, Leifsonia xyli, Análise Comparativa, Patogenicidade
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